Tras el empate a cero con el Club Atlético Osasuna, en la jornada 13, el Granada logró el liderato de la categoría, siendo la única vez que lo consiguió a lo largo de la temporada. Con Héctor Cúper como técnico, en la temporada 1999-2000, en su debut en la moderna Liga de Campeones el club llega por primera vez en su historia a la final de la Champions pero es derrotado por el Real Madrid tras haber hecho un inmejorable campeonato. En el panorama internacional, el club es uno de los clubes españoles que han participado en la Liga de Campeones de la UEFA, que ha disputado en una ocasión, camiseta atletico de madrid 2025/26 y es el décimo club español con más presencias en competiciones europeas con catorce. En la temporada 2009-10 hay 2 partidos de liga sin encontrar las alineaciones. En un intento de romper con el pasado y con Media Base Sports, a raíz de la catastrófica temporada que acarreó el descenso, el club despide al hasta entonces director general del club Sergi Vieta, siendo nombrado Antonio Fernández Monterrubio en ese puesto.

Tony Adams dejó su puesto a final de temporada. Durante la temporada 2008-09, el sénior A y sénior B consiguieron el ascenso de categoría a División de Honor B y Primera Catalana, respectivamente. Con esta victoria el Granada logró salir de la zona de descenso, subiendo hasta la 16.ª plaza por encima del Deportivo de la Coruña y dejando en descenso a la SD Eibar, a la UD Almería y al ya descendido Córdoba CF y en la jornada 38, tras empatar frente al Atlético de Madrid, el Granada se mantuvo en Primera División. En el verano de 2018 firmó con el C. D. A. Navalcarnero del Grupo I de la Segunda División B. En diciembre de ese año se confirmó su fichaje por el Real Club Celta de Vigo «B». El Granada aguantó bien la mayoría de la segunda parte pero en el minuto 93 Théo Bongonda logró el empate para el Celta. El gol del Granada lo hizo Robert Ibáñez cuando el marcador era ya de 7-0. En la jornada 30 el Granada empató (1-1) ante el Celta de Vigo donde Robert Ibáñez marcó en el minuto 2 de partido para poner al Granada por delante, sin embargo tras la expulsión de Jeison Murillo en el minuto 41 de la primera parte se les complicó el partido.

Aun así, el Granada se sobrepuso, y consiguió cuatro victorias consecutivas, ante el Club Deportivo Tenerife, el Real Valladolid, el Córdoba Club de Fútbol y la Agrupación Deportiva Alcorcón, que lo volvieron a aupar en la parte alta de la clasificación, en concreto en la tercera posición. En la segunda jornada el Granada venció al Getafe CF por (1-2), gracias a los goles de Youssef El-Arabi y Success. Tras este encuentro destituyeron a Abel Resino y el club contrató en su lugar a José Ramón Sandoval que debuta ante el Getafe CF. La temporada 2017-18 del Granada comenzó el 20 de agosto de 2017 con un partido ante el Albacete Balompié en el Estadio Nuevo Los Cármenes y que terminó con un decepcionante empate a cero. Para la temporada 2015-16 se confirmó la continuidad de José Ramón Sandoval como entrenador del Granada. El gran inicio de campaña y la llegada al tramo final de competición con opciones de conquista en todas las competiciones no fue suficiente para revalidar títulos y el equipo llegó al tramo final de la temporada bastante flojo, lo que supuso un fiasco en una temporada que comenzó bien, pero con muchos cambios.

Dos equipos de la zona baja, como Villarreal y Racing de Santander consiguieron la clasificación para la Copa Intertoto, llegando los castellonenses hasta la final de este trofeo veraniego, para conseguir el pase a la Copa de la UEFA, la primera participación en competición europea del Villarreal, tras vencer en la final al Heerenveen holandés. En la jornada 22, el Granada cae por (2-0) ante el Villarreal CF con goles de Mateo Musacchio y Gerard Moreno. En la jornada 22, el Granada perdió (1-0) ante el Villarreal CF tras un gol de Bruno Soriano de penalti. Después perdió por la mínima ante el Rayo Vallecano en Vallecas y en la jornada 18 logró una agónica victoria ante la Unión Deportiva Almería, completada con un gol de Pedro Sánchez Moñino en los minutos finales del partido. A su vez, el hasta ahora secretario técnico del club, Pedro Morilla, pasa a ser el entrenador del Granada B, sustituyendo a Lluís Planagumà, y Ángel Castellanos es nombrado presidente de honor del club. El nuevo propietario desde el primer momento intenta hacerse con los servicios de Jorge Sampaoli para que se convierta en nuevo entrenador del Granada, sin embargo, el Sevilla FC, acaba contratándole y el Granada CF presenta a Paco Jémez el 20 de junio de 2016, como nuevo entrenador del club para las tres siguientes temporadas.

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